Trước chiến tranh thế giới II, 97% dân số tự tuyên bố là tín hữu Công giáo Rôma, khoảng 2,5% là Giáo hội Luther, và khoảng 0,5% dân số tự nhận mình là thành viên của các giáo phái khác.[34] Công giáo Rôma có một vị trí quan trọng trong cuộc sống, xã hội và chính trị ở Slovenia trước khi chế độ Cộng sản được thiết lập ở nước này. Sau năm 1945, đất nước đã trải qua một quá trình thế tục hóa dần dần nhưng ổn định.

Sau một thập kỷ đàn áp nghiêm trọng các tôn giáo, chế độ Cộng sản đã thông qua một chính sách khoan dung tương đối về phía Công giáo, nhưng giới hạn chức năng xã hội của họ. Sau năm 1990, Giáo hội Công giáo Rôma lấy lại một số ảnh hưởng trước đây của nó, nhưng Slovenia vẫn còn là một xã hội thế tục hóa. Theo điều tra dân số năm 2002, 57,8% dân số là Công giáo. Như những nơi khác ở châu Âu, tín hữu Công giáo bị giảm: năm 1991, 71,6% dân số tự tuyên bố mình là tín hữu Công giáo, có nghĩa là giảm hơn 1% mỗi năm. Phần lớn người Công giáo Slovenia thuộc về nghi lễ Latinh. Một số ít người Công giáo Hy Lạp sống ở khu vực Carniola.[35]

Mặc dù có số lượng tương đối nhỏ (ít hơn 1% dân số trong năm 2002), nhưng đạo Tin Lành đã để lại các di sản quý báo cho Slovenia vì ý nghĩa lịch sử của nó, người ta cho rằng tiếng Slovenia tiêu chuẩn và văn học tiếng Slovenia đã được khởi nguồn từ sự Cải Cách Tin Lành trong thế kỷ XVI. Ngày nay, một nhóm tín hữu Tin Lành thuộc Giáo hội Luther thiểu số đáng kể sống trong các khu vực phía đông của Prekmurje, nơi họ chiếm khoảng 1/5 dân số và được lãnh đạo bởi một giám mục ở Murska Sobota.[36]

Ngoài hai giáo phái Kitô giáo trên, một cộng đồng nhỏ người Do Thái cũng đã có mặt trong lịch sử. Mặc dù số lượng đã giảm sút trong vụ thảm sát Holocaust, Do Thái giáo vẫn còn vài trăm tín đồ, chủ yếu sống ở Ljubljana, nơi còn các giáo đường Do Thái duy nhất hoạt động trong cả nước.[37]

Theo điều tra dân số năm 2002, Hồi giáo là tôn giáo lớn thứ hai với khoảng 2,4% dân số. Người Hồi giáo Slovenia đến từ Bosnia, Kosovo và Macedonia.[38] Các tôn giáo lớn thứ ba, với khoảng 2,2% dân số, là Chính Thống giáo, với hầu hết các tín đồ thuộc Giáo hội Chính thống Serbia trong khi một thiểu số khác thuộc Giáo hội Chính Thống Macedonia và các nhà thờ Chính Thống khác.

Trong năm 2002, khoảng 10% người dân Slovenia tuyên bố mình là người vô thần, thêm 10% không xác định tôn giáo cụ thể, và khoảng 16% đã quyết định không trả lời các câu hỏi về tôn giáo của họ.